Самое главное, как правило, в названии.
ИЖС - индивидуальное , СНТ - товарищество. Всегда проще отвечать только за себя, чем за все общество (коллектив).
Более важная градация заключается в категории земли - она бывает сельскохозяйственного назначения и поселений. СНТ чаще находятся на с/х, и законодатель действительно разрешает возведение жилого дома на таком участке. Вот тогда, при условии постановки на учет кадастровым инженером здания с назначением «жилое» возможны и регистрация по месту жительства, и использование материнского капитала при продаже. Если же дом поставят на учет как «нежилое» - то ни прописаться там, ни МК невозможны.
При виде разрешенного использования ИЖС перед кадастровым инженером такой дилеммы не будет - любой дом автоматически «жилой».
Ипотека же зависит от банка- в СНТ на нежилое здание в зелёном дадут без проблем, а в синем откажут.

Далеко не всегда отличие в цене участков в СНТ и деревнях есть. Если же оно имеется для соседних участков, то основная причина - в стоимости содержания и возможностях использования. СНТ содержится на членские и целевые взносы. Для участков же ИЖС нет налога за земли общего пользования, нет затрат на чистку снега, ремонт дорог, на содержание юридического лица и т.п. Кроме того, отношение властей и коммерческих структур к участкам для ИЖС лучше. Продекларированное и часто соблюдаемое право построить индивидуальный жилой дом в СНТ ментально (а иногда и на практике) не поддерживается властями, будь то социальная газификация, услуги почты и скорой помощи, использование материнского капитала и льготная ипотека, что отражается в цене. Кроме того, в черте населенного пункта для вида разрешенного использования "Ведение личного подсобного хозяйства" (в меньшей степени для ИЖС) можно содержать сельскохозяйственных животных. Также для участков в деревнях может применяться сельский тариф на электроэнергию, а стоимость подключения иногда символическая.