Здравствуйте. Нужно, но его можно уменьшить на расходы по приобретению квартиры в пропорции к доле в общем праве попадающей под налогообложение.

Зачем им вычет в 1 млн? Квартира куплена, мало вероятно, что за млн или меньше.

Если Вы грамотно распределили доли, то налога у Вас почти не будет. Грамотно означает минимально - т.е. доли пропорциональны части материнского капитала по отношению к цене квартиры. Важно правильно применить налоговый вычет - в размере 1 млн на весь объект либо в размере понесенных затрат на его покупку.

Вдобавок возможно будете покупать иное жилье и соблюдете 5 пунктов освобождения от налогообложения.

"если недвижимость приобретается с помощью материнского капитала с выделением долей детям, то расходы на ее приобретение распределяются на всех собственников в соответствующих долях. В случае продажи жилплощади они учитываются при расчете налоговой базы по НДФЛ пропорционально. При этом важно, чтобы расходы были понесены одним из родителей: владельцем сертификата или его супругом (супругой)."

Кстати, мы вроде, не обсуждали, но сейчас есть возможность сказать, что проценты по ипотеке - это тоже расходы родителей, которые тоже должны распределяться на всех собственников в соответствующих долях и учитываться при расчете налоговой базы по НДФЛ пропорционально. Таким образом, есть хорошая возможность оптимизировать налог до минимума и заплатить совсем немного или вовсе свести налог на ноль.

Если детям нет 18 лет, а Вы будете покупать взамен жилье большей площади или большей кадастровой стоимости, то возможно полное освобождение от налога -- это зависит еще от нескольких условий, которые в вопросе не освещены.
Подробнее можно проконсультироваться у любого специалиста форума - надо кликнуть на ФИО и выйти на его страницу - там под отзывами его прямые контакты.